目前的研究通常将矿业权出让收益和权益金制度的渊源追溯至2015年3月24日中共中央通过的《关于加快推进生态文明建设的意见》和2016年12月中央全面深化改革领导小组第三十一次会议。事实上，早在2005年就已经产生了关于矿业权出让收益制度的表述和线索。

2005年8月18日，国务院印发《关于全面整顿和规范矿产资源开发秩序的通知》（国发〔2005〕28号），提出完善矿产资源有偿使用制度。文件中不仅重点提出了矿产资源的有偿使用，还提出了全面实行矿业权有偿取得，将矿业权的有偿和无偿取得的“双轨制”定性为需要解决的问题，在一定程度上否定了矿业权有偿和无偿取得同时存在的现象。此外，文件要求相关部门积极探索“矿产资源税费征收与储量消耗挂钩的政策措施”。以上两点表明矿产资源税费制度的研究方向发生重大转变：一是矿业权的有偿取得和矿产资源的有偿使用这两个在理论上不关联的制度可能进行融合；二是矿产资源税费将脱离原来针对国家出资探明矿产地的价款模式，与全部可能消耗的储量挂钩。

2006年1月，国土资源部印发《关于进一步规范矿业权出让管理的通知》（国土资发〔2006〕12号，以下简称12号文），明确矿业权的出让方式。文件要求只有在未经矿产勘查工作的空白区和虽经矿产勘查工作但未发现矿产地的区域的一类矿产实行申请在先，其余均以招标、拍卖、挂牌（以下简称“招拍挂”）等市场竞争方式出让。据了解，该政策在后来执行过程中发现了诸多问题：一是由于矿产勘查工作的复杂性，不能对“发现矿产地”作出准确的判定，部分地区将原本应当通过“招拍挂”出让的矿业权通过申请在先方式出让；二是难以监管勘查成果的真实性，部分地勘单位在利益的驱使下铤而走险，隐瞒发现矿产地情形，私卖真实勘查成果，人为制造申请在先的条件；三是申请在先出让方式明确为先依法登记者得，而我国探矿权采用审批加登记制，使得管理部门可以通过审批控制登记时间，进而影响先到先得的公平性。

2006年9月1日，财政部、国土资源部、中国人民银行印发《关于探矿权采矿权价款收入管理有关事项的通知》（财建〔2006〕394号），规定：“探矿权采矿权价款收入是指中央和地方人民政府探矿权采矿权审批登记机关通过招标、拍卖、挂牌等市场方式或以协议方式出让国家出资（包括中央财政出资、地方财政出资和中央财政、地方财政共同出资，下同）勘查形成的探矿权采矿权时所收取的全部收入，以及国有企业补缴其无偿占有国家出资勘查形成的探矿权采矿权的价款。”该文件重新定义了价款的含义，现行出让收益制度的影子已经非常明显。从文义解释和后期执行效果综合来看，该文件意味“招拍挂”的价格即可取代价款的含义，同时价款的标的与“发现矿产地”脱钩，只要矿业权区域内存在财政出资发现矿产地，则依据范围内所有矿产资源储量进行价款评估。此后，出台了相关文件进一步明确了此价款定义。据了解，如此规定是因为难以判断财政出资的调查或勘查成果对于矿产地发现的贡献程度，如在财政项目期间发现资源线索，但在商业勘查期间发现了新的矿产地，难以确定财政项目的投资收益（即价款）。

此后，相继印发了一系列文件，如国务院《关于同意深化煤炭资源有偿使用制度改革试点实施方案的批复》（国函〔2006〕102号），财政部、国土资源部《关于深化探矿权采矿权有偿取得制度改革有关问题的通知》（财建〔2006〕694号，以下简称694号文）等文件，进一步明确价款的性质，不再以国家出资探明矿产地为标的征收，而是依据矿业权的全部剩余储量征收。

2008年2月28日，财政部、国土资源部印发了《关于探矿权采矿权有偿取得制度改革有关问题的补充通知》（财建〔2008〕22号，已失效，以下简称22号文），对694号文进行了细化：“关于剩余资源储量核实问题。对无偿取得且尚未进行有偿处置的采矿权，剩余资源储量估算的基准日，各省已有规定的从其规定；没有规定的以2006年9月30日为准，按照现行规定进行核实、评审和备案。”这也就解释了为何当前出让收益制度追溯到2006年9月30日，矿业权人的缴费义务在当时即已规定。

综合上述政策，已经可以看到一个完整的出让收益制度架构。一是价款征收基础与“财政出资发现的矿产地”脱钩，而且是针对全部资源；二是我国财政出资的地质调查和勘查覆盖极广，任何一个矿业权历史上均有一定程度的财政勘查基础，已不存在绝对意义的“空白区”，因此需要对所有矿业权的所有资源收取价款；三是在没有“空白区”的情况下，按照12号文规定，全部矿业权均应通过“招拍挂”的方式出让。

上述政策在执行过程中存在些许问题：一是价款基础理论矛盾，原价款本质上是体现国家出资的勘查收益，而价款定义在修改后依据全部资源储量征收，于理不通；二是仍未将税费机制与资源的使用和补偿挂钩；三是财政调查和勘查项目程度较低，不能对是否发现矿产地作出准确判断，致使12号文关于申请在先的适用条件无法执行，多数省份对于无法判断是否发现矿产地的情况均按照未发现认定，以申请在先的方式出让探矿权；四是并未规定现存矿业权的价款缴纳时点，如矿业权人故意欠缴，则难以收缴应缴价款等。

2015年9月，中共中央、国务院出台了《生态文明体制改革总体方案》，对矿产资源有偿使用提出了原则性要求，包括“构建反映市场供求和资源稀缺程度、体现自然价值和代际补偿的资源有偿使用和生态补偿制度”；“全面建立覆盖各类全民所有自然资源资产的有偿出让制度，严禁无偿或低价出让”；“理清有偿取得、占用和开采中所有者、投资者、使用者的产权关系，研究建立矿产资源国家权益金制度”。权益金的税（费）基、测算依据、征收时点等亟待解决的关键问题摆在管理部门面前。

为解决上述问题，2017年权益金制度改革方案和出让收益管理暂行办法相继出台。一是将反映国家投资收益的价款改为体现国家所有者权益的出让收益，由此可以依据全部资源储量收取出让收益；二是取消无偿出让矿业权情形，以“招拍挂”市场方式确定矿业权出让收益；三是对已经存在但未进行有偿处置的矿业权按照最新标准征收矿业权出让收益，在办理矿业权延续、转让、探转采等事项时征收。