在矿业权价款作为国家出资勘查形成矿业权的投资收益这一性质逐渐明确的过程中，矿业权价款的另一种含义又悄然出现。

2003年国土资源部印发的《探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法(试行)》（国土资发【2003】197号），从完善探矿权采矿权有偿取得制度，维护国家对矿产资源的所有权的角度出发，规定符合条件的探矿权采矿权必须通过招标拍卖挂牌的方式进行出让，招标拍卖挂牌方式确定的中标人、竞得人应当按照成交确认书缴纳价款。此时的价款已经突破原来国家出资勘查探明矿产地的限制，而是所有以招拍挂方式出让矿业权所形成的对价，矿业权价款的含义从国家分享找矿投资收益扩展为国家以所有者身份出让矿业权，矿业权人有偿取得的对价。

2004年国土资源部印发的《关于进一步加强探矿权采矿权价款管理的通知》（国土资发[2004]97号）中规定，价款是指国家依法出让探矿权采矿权取得的收入，包括以行政审批方式出让探矿权采矿权取得的全部收人和以招标拍卖挂牌等方式出让探矿权采矿权并按照成交确认书或出让合同等取得的全部收入。97号文中价款的含义发生了重大的变化，明确将矿业权价款作为矿产资源有偿出让的对价，是国家以矿产资源所有者身份收取的所有权收益，而不再仅仅分享找矿出资收益的内容了。

2005年《国务院关于全面整顿和规范矿产资源开发秩序的通知》（国发〔2005〕28号）中要求，进一步推进矿产资源有偿使用制度改革，全面实行探矿权、采矿权有偿取得制度，采取市场竞争方式出让探矿权、采矿权，研究解决探矿权、采矿权无偿和有偿取得“双轨制”问题。

2006年国务院批复同意的《财政部、国土资源部、发展改革委关于深化煤炭资源有偿使用制度改革试点的实施方案 》（国函[2006]102号）中明确规定：实施方案发布之日起，试点省（区）出让新设煤炭资源探矿权、采矿权，除特别规定的以外，一律以招标、拍卖、挂牌等市场竞争方式有偿取得。实施方案发布之日前企业无偿占有属于国家出资探明的煤炭探矿权和无偿取得的采矿权，均应进行清理，并在严格依据国家有关规定对剩余资源储量评估作价后，缴纳探矿权、采矿权价款。可以看出，在该实施方案中，无论是针对方案发布之前企业无偿占有国家出资探明的煤炭探矿权和无偿取得的采矿权，还是方案发布之后新设探矿权采矿权，均要求收取价款。此价款的范畴已经不仅仅限于原来国家出资勘查形成矿产地的探矿权价款，还包括无偿取得的采矿权有偿处置需要缴纳的对价，以及新设探矿权采矿权出让的对价，矿业权价款范畴包括上述三方面的内容。

2006年财政部国土资源部联合印发的《财政部国土资源部关于深化探矿权采矿权有偿取得制度改革有关问题的通知》（财建﹝2006﹞694号），延续了国函[2006]102号文的规定，只是在矿产资源种类方面从煤炭扩展到除不能进入市场的国家专营矿种以外的所有矿产资源，使用范围上从试点到全面铺开。矿业权价款包括原来国家出资勘查形成矿产地的探矿权价款、无偿取得的采矿权有偿处置需要缴纳的对价，以及新设探矿权采矿权出让的对价。

上述价款的概念被不断延用，2009年国土资源部印发的《关于进一步规范探矿权管理有关问题的通知》（国土资发﹝2009﹞200号）中规定，“协议出让的探矿权价款不得低于类似条件下的市场价”。

2011年《国土资源部关于进一步完善采矿权登记管理有关问题的通知》（国土资发[2011]14号）第二十五条中规定，“由高风险矿种变更为低风险矿种的，还应缴纳矿业权价款”。

仔细对比上述两种价款的内涵，可以发现，第二种价款的范畴已经包括第一种价款，第一种价款的含义是国家出资勘查形成成果收益的分配，第二种价款是国家出让矿业权的对价，这种对价中可能包括因国家出资勘查导致矿业权增值的收益分配，也可能其中没有国家出资勘查形成的增值收益。为了更为形象的理解两种价款的区别，可以举土地出让金的例子来进行类比。第二种价款就是土地出让金，第一种国家出资勘查探明矿产地的矿业权价款就是土地一级开发费用，国家在出让土地时收取的土地出让金，可能包含土地一级开发费用，也可能没有土地一级开发费用。

从第一种价款到第二种价款的变化，主要原因是矿产资源有偿使用制度的不断深化，从简单的参与国家出资勘查成果的收益分配，到全面收取矿业权以有偿取得的方式出让的对价，让矿业权价款的含义不断扩大和丰富（探矿权、采矿权使用费一直也是矿产资源有偿取得制度的重要内容）。只是在这种变化中，将矿业权价款赋予两种不同的含义，造成概念使用上的模糊和歧义，为矿产资源管理带来的麻烦。如果当初能将第二种价款定义为“矿业权出让金”，或许这些问题就迎刃而解。